Hola amigo, un saludo...
Bueno creo tu idea de crear un bat para que "tire" y luego "levante" el servicio es viable, pero con respecto a los permisos es tas un poco confundido...
Cita: el tema son los permisos,ya que el usuario forma parte del dominio y es un "usuario estandar" o como mucho "usuario avanzado" de su pc.
Los permisos que a ti te deben interesar no son los locales de la estacion de trabajo, son los del servidor windows 2003, neceistas agregar a este usuario en el grupo de administradores en el Servidor, pero cuidado !!! eso significa que el usuario puede entrar, hacer y deshacer en tu servidor...
Espero haberte ayudado...