Me alegro que ya te funcione. La recomendación "oficial" es aprender a hacer los jars "a mano" con la herramienta jar y saber cual es su extructura, para luego poder descubrir las perradas que te hacen los IDEs.
Yo no uso nunca los IDEs para hacer mis jars, como mucho uso el Ant, pero no me gusta como lo hace ningun IDE.