Dijiste tantas cosas q casi no te entendi...
Lo primero es q mires este post
http://forum.joomla.org/index.php/topic,81058.0.html
Lo otro es q si tieens tu joomla en un sistio por ejemplo tudominio.com/joomla chekeate q en la administracion de tu portal tengas en la parte de site setting tengas la ubicacion exacta con todo y carpeta, eso es con relacion a los cookies, es q se pierde la reedirecion porq esta en otra carpeta y no en la ruta de tu dominio.
A ver si eso te sirve.