Hola:
Una ventana se comunica con la página que la abrió, mediante el objeto opener, y es preferible usar una función definida en esa página...
Por ejemplo, si tienes en la principal un formulario con un campo llamado texto, puedes crear una función que asigne algo a ese campo:
function asignar(txt) {
document.forms[0].texto.value = txt;
}
Y luego en el popup pones:
opener.asignar("hola"); (desde el evento que hayas pensado)
Saludos