bueno, personalmente he utiliazdo prototype para la mayor parte de mis proyectos, pues me gustan las funcionalidades que le agrega al javascript, scriptaculous tambien lo he utilizado, y cumple con el proposito que tu tienes pensado, y es el hecho de que no necesitas preocuparte en detalles como compativilidad entre exploradores, pues han sido probados y funcionan sobre la mayoria de estos.
have funnnnnnnnnnnn