Lo único que se me ocurre es que metas el javascript y el flash entre bloques div, luego con css y z-index ponerlos por orden.
Tu foro es el de css.
A ojo iría +- así:
<style>
#capa1{
z-index:1;
}
#capa2{
z-index:2;
}
</style>
El que quieras que vaya delante lo metes entre:
<div id="capa2">aquíelscript</div>
<div id="capa1">aquíelflash</div>
No te garantizo nada pero es del palo, en cualquier caso los máquinas del css sabrán decirte.
Suerte