Parece ser que la culpa la tenía el código Javascript que puse para desactivar el mensaje de "Pulse aquí para activar el control ActiveX":
 
Tenía este: 
Código:
 objects = document.getElementsByTagName("object");
for (var i = 0; i < objects.length; i++)
{
    objects[i].outerHTML = objects[i].outerHTML;
}
  Y añadía el archivo JS después de los flash. 
Al final he optado por esta solución: 
http://www.mmugcba.com.ar/foro/viewtopic.php?p=512& 
Un saludo y gracias!