podrias probrar con abrir el archivo en cuestion, y a medida que vas recorriendo las lineas, las vas dejando en una variable y despues la ejecutas como una consulta
Código PHP:
$archivo = fopen('archivo.sql','r');
if ($archivo)
{
$sql = "";
while (!(EOF($archivo)))
{
$linea = fgets($archivo)
$sql = $sql.$linea;
}
}
$rs = mysql_query($sql)
...
Atte,
ISKARIOTE