Mira, con esto el código te queda limpito limpito:
<link rel="stylesheet" href="estilos.css" type="text/css" />
<!--[if IE]>
<link href="estilosIE.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<![endif]-->
Es decir, llamar a una hoja externa de forma normal y luego usar un comentario condicinal para llamar a un hoja externa hecha especialmente para explorer
Esto es para mi la mejor manera de diseñar, y el html queda muy limpio.
Mikel.