¡Que tal nuevo!
Verás, al usar window.open(), siempre que no pongas como segundo parámetro "_self" o el nombre de la ventana actual, lo que hace es abrir una ventana nueva, así que el window de window.open pasa a ser otro objeto distinto de la ventana actual, entonces la línea siguiente se refiere a la ventana actual, y deja en segundo plano el popup recién abierto.
Tal vez si no hubiera sido tan escueto lo hubieras visto mejor...
var nuevaVentana = window.open(...);
self.focus(); // es lo mismo que window.open() y puedes ver que no se trata de nuevaVentana.
Al menos la prueba que hice funcionaba.
Saludos
