Hola de nuevo.
¿No será que estás ejecutando el código JavaScript antes de que se cargue el menú?
Prueba este ejemplo:
Código PHP:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function ini() {
var lis = document.getElementsByTagName("LI");
alert(lis.length);
}
</script>
</head>
<body onload="ini()">
<ul id="menu1" class="menu">
<li><a id="a0" )" >-A.A./Apdos/Mandatarios</a></li>
<li><a id="a1" )" >-Clientes/Prov/Dest</a></li>
<li><a id="a2" >-Tipo de Cambio</a></li>
<li>< a id="a3" >-D.T.A.</a></li>
<li><a id="a4" ">-I.N.P.C.</a></li>
<li><a id="a5" >-Equivalencia de Moneda</a></li>
<li><a id="a6" >-Tasa de Recargos</a></li>
</ul>
</body>
</html>
Saludos,