Asi es, esa carpetita oculta es el disco falso, reproduce el sistema de archivos para que los programas se sientan "como en casa"
Dentro de esa carpeta están contenidos unos archivos *.reg que forman el "regedit" del windows falso, mi duda era por que entiendo que los programs windows deben de estar incluidos en el regedit, si no hiciste nada más que ejecutar fireworks desde tu partición XP existente significa que wine utilizó el registro de ese XP... supongo, lo que me lleva a pensar que a lo mejor desde una partición Windows sería posible ejecutar los demás programas sin problemas.