eh, bueno, creo que ya hay explicacione amplias de cómo hacerlo en una parte del foro que no recuerdo dónde... Y sí, solo te proteje el exe, los demás swf que queden fuera estarán desprotegidos, todo lo que esté fuera del exe... Pero si es un disco, no es tan necesario crear proyectos de carga diluída, puedes meter todo el peso dentro de un archivo y no pasa nada.
Usa el buscador del foro y escribe "tzcopy" vas a encontrar un post muy amplio (entre otros) que te emnciona mucha información al respecto, problemas y configuraciones.
