Lo mas probable es que en esas unidades (D: y E:) haiga algun
Autorun.inf, para poder entrar en las unidades hace click derecho y en el menu selecciona abrir, ya adentro elimina el autorun que contiene la unidad; generalmente este archivo esta oculto; para hacerlo visible hace esto: Menu Herramientas->Opciones de Carpeta->Ficha Ver->Mostrar todos los archivos y carpetas ocultos.
Despues de haber hecho todo esto, pasale un buen antivirus a todo el equipo (recomiendo: Panda o Nod32), incluyendo tu memoria USB, si tenes.
Saludos