1- De preferencia flv usando su propio reproductor.
2- Ventaja del wmv, su relación calidad compresión; ventaja de flv, su reproductor integrado tipo streaming; ventaja del swf, ¿tiene ventaja?

3- protejer la descarga, pues, el formato flv requier de un reproductor especial y lo puedes "bajar" solo buscándolo en los archivos temporales, no te da una opción de bajar así nomás. Y de preferencia, creales una marca de agua.
4- El integrado de Flash para los flv, solo que no es gratuito el Flash :P