Yo lo pondría así:
Código PHP:
$consulta = mysql_query("SELECT username FROM usuarios WHERE username='".$_GET['username']."'");
$registro = mysql_fetch_array($consulta);
$var= $registro['username'];
echo "$var / ".$_GET['username']."<br><br>";
if ($_GET['username']==$var)
{
echo "BIEEEEN";
} else {
echo "MAAAAL";
}