Una cosa más, para que el popup quede en primer plano, podés agregarle esto:
Código:
<a href="javascript:ventana=window.open('map1.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');ventana.focus();void(0)">enlace</a>
<a href="javascript:ventana=window.open('map2.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');ventana.focus();void(0)">enlace2</a>
<a href="javascript:ventana=window.open('map3.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');ventana.focus();void(0)">enlace3</a>