Ese es el lío con PHP funcionando como módulo de Apache, o mod_php. Esto no ocurre con PHP funcionando como CGI, pero claro, de ese modo también tiene sus pros y sus contras.
Te puedo dejar una interesante discusión que encontré al respecto hace un tiempo en los foros de SitePoint:
http://www.sitepoint.com/forums/show....php?p=3198948
Saludos.