Hola, erponcios, seguro usás el método open, que admite 3 parámetros: url, nombre y adicionales. Para que se abra sobre el mismo popup, basta con que el 2do. parámetro sea siempre el mismo (en este ejemplo, pepe)
Código:
<a href="javascript:window.open('map.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');void(0)">enlace</a>
<a href="javascript:window.open('map2.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');void(0)">enlace2</a>
<a href="javascript:window.open('map3.html','pepe','width=300,height=200,scrollbars=yes');void(0)">enlace3</a>
</body>