Por esta línea:
"Dgnu.gcj.precompiled.db.pat..." me da la impresión que estás usando gcj como plataforma Java. Por lo general esta plataforma funciona bien, pero con las aplicaciones grandes cmo los IDE's (NetBeans, MagicDraw, Eclipse) no funciona muy bien que digamos.
Te recomendaría que instales la jdk de Java de SUN. Desde este link lo podés bajar:
http://www.sun.com