Para el tema de una subidas mas controladas y fiables, la solución habitual es hacerlo con un applet, desde el que se controla si la cosa ha ido bien, si hay que repetir el envío... etc.
Desde JavaScript... una idea sería enviar el fichero con AJAX y asi no harías un reload ni tendrías que reiniciar tu el campo, sino simplemente ejecutar un submit otra vez.
Buscando "AJAX file upload" salen muchas cosas, aunque la mayoria con PHP, algunas cosas salen con Java si añades "Java" como criterio. Por ejemplo:
http://www.missiondata.com/blog/?p=28