Preguntas sobre ficheros .js

[lllfelixlll]

hola,
tengo algunas preguntas sobre estos ficheros js y talves vosotros sepan de este tema porque yo estoy a medias.
1. ¿ se puede encapsular parte de un codigo html en un fichero js y si es asi cual seria el codigo para que se llame automaticamente y se visualise cuando se cargue la pagina web?
2. tb si se puede encapsular un script como hacerlo .
(trabajo con blok de notas y frontpage)
gracias por las respuestas que puedan darme