hola,
hasta donde sé, lo que pides no se configura en apache ni en php (al menos no exclusivamente), sino desde los permisos de los usuarios en el sistema operativo (estoy asumiendo que usas linux o cualquier otra variante de unix):
- apache se ejecuta como el usuario apache, que tiene los privilegios que tú marques
- activa sade_mode, safe_mode_gid, etc, en php.ini, según lo que requieras. no puedes evitar que se ejecute exec(), sólo hacer que no puedan ejecutar los programas que no quieras.
- para darle un espacio web a cada usuario, te recomiendo mod_userdir en apache
saludos
