Hola
Bueno, seria asi
Código PHP:
<?
$link = mysql_connect("localhost","","");
mysql_select_db("prueba");
?>
<table>
<form action="guardar.php">
<tr>
<?
$i=0;
$query = mysql_query("SELECT * FROM municipios",$link);
while ($r = mysql_fetch_array($query))
{
?>
<td>
<input type="checkbox" name="cod_municipio<?=$r[0]?>" value="<?=$r[0]?>"><?=$r[1]?>
<input type="hidden" name="nom_municipio<?=$r[0]?>" value="<?=$r[1]?>">
<?
$i++;
if($i%3==0)
echo '</td><tr>';
}
?>
</tr>
<tr>
<td>
<input type="submit">
</td>
</tr>
</form>
</table>
Suerte