Pueden usar un try, catch para abrir las ventanas e intentando obtener el manejador de esas ventanas, si estan bloqueadas ese manejador es nulo y entonces en el catch si se está bajo IE mostrar un alert diciendole que tiene un antipopup y que si quiere ver ese contenido va a tener que permitir ver las ventanas que necesita.
Javascript no se va a acabar, cierto, tal vez algunas cosas ya no funcionen mas adelante pues es muy conocido que cuando una nueva version de IE llega hay broncas, pero si desapareciera javascript en que quedariamos?, html estatico de por vida.
Cita: Que curioso porque esa funcion corre bien en IE 6.0 pero en 7.0 no me sirve
pd. IE 7 no sirve, prueba firefox mejor, creeme es muy superior a la basura de microsoft.