Hola
Bueno, esto tal vez te sirva
Código PHP:
<?
$link = mysql_connect("localhost","","");
mysql_select_db("prueba");
?>
<form action="guardar.php">
<?
$query = mysql_query("SELECT * FROM municipios",$link);
while ($r = mysql_fetch_array($query))
{
?>
<input type="checkbox" name="cod_municipio<?=$r[0]?>" value="<?=$r[0]?>"><?=$r[1]?>
<input type="hidden" name="nom_municipio<?=$r[0]?>" value="<?=$r[1]?>">
<?
}
?>
<input type="submit">
</form>
Y pues en la pagina de guardar.php de aqui del ej, simplemente revisas cuales cod_municipio vienen vacios, es decir, no dieron click sobre ellos. puedes hacerlo con un for por ej que revise cada uno y si es diferente de vacio, que los agregue al insert into en la otra tabla y listo, suerte.