gracias ferny por la ayuda, pero no anduvo, img y upload se redireccionan y los parametros que pasa en $1 es "index.php" es muy raro lo que hace... gracias igual, logre arreglarlo de esta manera.
Código:
RewriteEngine On
RewriteRule img/$ img/$1 [L]
RewriteRule uploads/$ uploads/$1 [L]
RewriteRule ^([^/]*)$ index.php?user=$1 [L]
RewriteRule ^([^/]*)/$ index.php?user=$1 [L]
Anda bien las redirecciones y las excepciones... pero las variables me las pasa mal, asi que hice un script en php que con un explode me saca la variable y listo.
Saludos!!! gracias por la ayuda!