Hola azaharyna, bienvenido/a a los foros
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Algunas cosas son básicas, y te recomiendo que mires algún manual o tutorial para conocer esas cosas sencillas.
Trataré de darte una idea de algunos casos...
Si los números son parte de un array de 3 números, bastaría con ordenarlos...
miArray.sort();
entonces el menor sería el primero y el mayor el último.
Con variables y condicionales...
var n1, n2, n3; // son las variables...
// saber el mayor
if (n1 > n2 && n1 > n3) alert("El mayor es " + n1);
if (n2 > n1 && n2 > n3) alert("El mayor es " + n2);
if (n3 > n2 && n3 > n1) alert("El mayor es " + n3);
Saludos
