Pues supongo que si tienes un banner es porque quieres que se vea y distinga, no?
No se que opinen los demas, pero uno u otro. Si quieres que no pierdan la concentracion para que el usuario permanezca en tu pagina, entonces procura hacerlo lo mas disimulado posible.
Si tu intencion es la opuesta, pues la respuesta es obvia.
Tambien piensa que hay diferentes maneras de guiar a un lector. Como por ejemplo, haciendo envios o publicidad creativa justo donde termina el articulo.
Saludotes!