si se puede escribir código javascript en un php, solamente lo debes escribir como una cadena de caracteres.
Código PHP:
echo '<script languaje="javascript">
function Activar_otros(form_tramite)
{
if (form_tramite.otros.checked==true)
{
form_tramite.otro_tramite.disabled=false;
}
else
{
form_tramite.otro_tramite.disabled=true;
}
}
</script>';