Es por el Nero, que no es muy bueno y le pasan estas cosas, por eso jamás lo recomiento para convertir de formato, eso lo haces con otro programa y luego el nero sólo para grabar el archivo MPG, que en eso sí es bueno.
Lo de los dos audios no debería influir, de todas formas te recomiendo ver aquí el caso de audio dual por si tienes que eliminar algún audio (por ejemplo si te sale en el idioma incorrecto):
www.mundodivx.com/mpeg/previampg.php