Gracias a todos por vuestras respuestas. Yo había implementado algo similar a lo que pone geq pero realmente lo que buscaba era esa funcion (str_pad).
Finalmente lo he dejado así por si a alguien le sirve:
Código PHP:
str_pad($numero, 5-strlen($numero), 0, STR_PAD_LEFT);
Un saludo.