Para que te siva de aliciente yo tengo funcionando perfectamente en una intranet varios lectores de codigos de barras, pero estos se conectan como un teclado no al puerto serial, y funciona perfecto.
Yo hice lo mismo que estas haciendo, coloque el foco en un campo de texto y agrege un settimeout para recargar la pagina cada sierto tiempo para asegurarme que el foco siempre este donde quiero.
Como comentario al margen para probar el scaner debe saber que todo codigo que coloques debe llevar un * (asterisco) delente y otro al final, esto le informa al lector donde comienza a leer y donde finaliza, para que luego de escribir el codigo envie un enter, es asi de facil
Bueno espero que te sirva, te dejo este link, talvez te ayude
http://www.forosdelweb.com/f69/componente-para-leer-codigo-barras-392128/