Hice una implementación para que dos funciones se ejecuten hiladas, pero sólo se ejecute la segunda después de que la primera haya terminado:
http://www.forosdelweb.com/f13/aporte-programacion-secuencial-432551/
Tu función pausa la veo bien, sólo que come muchos recursos porque destruye otros procesos totamente, así que ese while habría que llamarlo con un setTimout a su vez para que no paralizase todo el navegador.
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