Pues la forma más sencilla y la primera que se me viene a la cabeza es que en la regla del cron le pongas alguna variable GET difícil de adivinar, algo tipo
http://...../pagina.php?sertiyhqhwb=19863khats
Entonces, si no existe esa variable o no tiene ese valor, sencillamente no hacés nada.
Como el código PHP nunca se verá en el sitio, y tampoco será visible la actividad de cron más que en los registros de acceso del servidor, creo que es una solución válida.
Saludos.