Depende de en qué formato grabes la pelicula. Si es un DVD de datos, basta que grabes el .srt con el mismo nombre salvo la extensión (pelicula.avi y pelicula.srt, por ejemplo). Si lo conviertes a formato DVD, entonces tienes dos opciones, pegarlos a la vez que conviertes la película a DVD, o hacerlos seleccionables si el programa de autoría DVD que uses lo soporta (DVD-lab Pro por ejemplo). Para pegarlos, depende del programa que quieras usar, pero puedes mirar aqui:
www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php 