se me ocurre lo siguiente:
Código PHP:
$sql= "tuconsulta";
$result_ = mysql_query($sql);
if ($row = mysql_fetch_array($result)){
$banner= $row[banner];
}
if ($banner == "1"){
$checBanner = "checked";
}else{
$checkBanner="";
}
Luego en el HTML pones asi:
Código PHP:
<input name="banner[]" id="banner" type="checkbox" <?=$checkBanner?>>
salu2