Bueno, dado que J2EE se desenvuelve en una arquitectura Cliente/Servidor necesita de herramientas adicionales a la Standar, como ser un motor de Servlets y otro para JSP; el contenedor web te suministrará los servicios que necesites para éste tipo de entorno, como explica este
artículo.
Una vez que hayas instalado correctamente JDK (mas tu variable de entorno JAVA_HOME), te puedo recomendar que instales Tomcat (viene con ejemplos ya compilados).
No te preocupes, recuerda que todos hemos comenzado alguna vez.
Salu2.