Hola:
La última es la 5. La 1.4 es anterior.
Además de J2EE necesitas el J2SE. J2SE es el compilador de java y todo lo necesario para trabajar en java. J2EE es la extensión para web. Quizás aquí puedas aclarar algunos conceptos sobre
qué bajarte de J2SE. En cuanto a j2ee supongo que te vale cualquiera. La diferencia entre una y otra posiblemente es que venga con más utilidades, herramientas y quizás librerías opcionales.
Varios temas que quizás quieras tener en cuenta.
Con J2SE (java estandar) no puedes programas en web, pero posiblemente es la mejor opción para aprender orientación a objetos y java.
Con J2EE se puede programar JSP (páginas .jsp), que son similares a las .php que conoces, pero con lenguaje java embebido en el html en vez de lenguaje php. Supongo que este sería el siguiente paso. Necesitas un servidor web que soporte JSP, por ejemplo, Apache Tomcat.
Finalmente, con J2EE puedes trabajar también con EJBs (unas clases java que cumplan ciertas condiciones). Esto ya es un pequeño berenjenal y no te lo recomiendo para empezar. Si bien la programación en sí de los EJBs puede ser "sencilla", necesitas un servidor de aplicaciones (por ejemplo JBoss) y el fichero de configuración necesario para desplegar tus EJBs en uno de estos servidores es tan complejo que nadie lo hace a mano, siempre se usan programas específicos del servidor de aplicaciones para hacerlos. Antes de meterte con esto, te aconsejo que aprendas algo de java por cualquiera de las dos opciones anteriores.
Se bueno.