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Iniciado por caricatos 
Hola:
Es difícil a veces comprender el código de otros, y más aún cuando se tienen "vicios"... y parece que tu solo trabajas con explorer y me ha desconcertado la variable Guias, y si es el nombre del formulario, debería estar precedido de "document."
La idea es en base al elemento padre de los checkboxes (document.forms.Guias) recorrer los tags inputs (o los elementos del form) y discriminar los que tienen el nombre guia (dentro de un formulario se puede considerar los nombres)
var f = document.forms.Guias;
for (var i = 0; i < f.elements.length; i ++)
if (f.elements[i].name = "guia") // se supone que este es un elemento a procesar...
Saludos
Entiendo que es dificil, pero les agradezco todo intento; pues ya encontre una solucion al problema de la siguiente manera:
<script languaje="javascript">
cantitem = %%contador%%;
function contar()
{
var item=0;
if(Guias.guias==null)
{
alert("No existen Guias para Procesar");
return false;
}
for (x=0;x < Guias.guias.length;x++)
{
if (Guias.guias[x].checked)
{
item++;
}
}
if (item>0)
{
Guias.item.value =item;
return;
} else
{
if (cantitem = 1)
{
if (Guias.all["guias"].checked)
{
Guias.all["guias"].checked = true;
Guias.item.value = 1;
return;
} else
{
alert("Debe seleccionar a lo menos una Guia");
return false;
}
} else
{
alert("Debe seleccionar a lo menos una Guia");
return false;
}
}
}
</script>