Existe una herramienta llamada "sysprep", por obvias razones no es muy difundida por M$ y que está destinada a ambientes corporativos en donde puede ser necesario agilizar el proceso de instalación de sus sistemas, en este enlace hay un link a un pequeño tutorial que explica muy bien el proceso, básicamente estas herramienta se encarga de preparar el sistema para su clonación y entre sus principales tareas es la de borrar los drivers instalados y cuando se produce el transplante al nuevo equipo, se activa el proceso de reconocimiento del nuevo hard, o sea que desde este punto de vista no puede haber conflictos.
http://www.forosdelweb.com/showthrea...hlight=sysprep
En las paginas de Microsoft hay mucha info sobre el Sysprep, aunque no es muy clara, el leer este tutorial puede hacerlo mas entendible.