En este caso todo despues de "Business Logic" es tu capa de logica, debe de ir en tu directorio de logica, ahi puede ser separado en n capas como tu lo requieras.
Se que luego repito mucho y digo de mi framework pero, creo yo es una forma muy eficiente de almacenar las cosas.
Dentro de la carpeta "com/application/" puedes guardar toda la informacion en subcarpetas y despues podrias implementarla algo asi:
Código PHP:
import( "com.application.*" );
import( "com.application.decorators.*" );
import( "com.application.strategies.*" );
import( "com.application.factory.HelloWorldStrategyFactory" );
$model = new HelloWorldModel;
$view = new HelloWorldView;
$controller = $view->initialize($model);
$controller->handleEvent($_SERVER['argv']);