a ver si te sirve esto...
http://ar2.php.net/manual/es/ref.exec.php
Aun que creo que no es necesario que tengas que crear un usuario en el server y usar mysql para almacenar tus usuario y de algun modo relacionarlo con tu fedora ... repito no estoy seguro, voy a averiguar bien y despues te cuento.
Por lo pronto con la funcion exec de php podes correr algun script ...
saludos y suerte!