Partiendo de tu código, lo he solucionado pasando el evento como parámetro a f1, gracias !
Código:
<html>
<head>
<script>
function f1(event)
{
alert( "-> " + event );
alert("en el checkbox");
if(document.all)
{
window.event.cancelBubble=true;
}
else
{
event.stopPropagation();
}
}
function f2()
{
alert("en el TR");
}
</script>
</head>
<body>
<table border="1">
<tr onclick="f2()" width="500" bgcolor="#FFFFCC"><td border="1px" width="200"><form><input onclick="f1(event)" type="checkbox" name="a">asdasdasdasdasd</form></td><td border="1px" width="200"></td></tr>
</table>
</body>
</html>