Hola:
Cuando hay una alerta, no se ejecuta ningún evento hasta que se acepte, y si el cursor salió de la capa ya no se ejecuta el otro evento.
Si en vez de hacer esa alerta, haces algo que no detenga los eventos, seguro que funciona (bueno tampoco serviría ocultar la capa o cambiarla de sitio o meterle algo encima
)
En vez de una alerta, prueba mostrar algo o cambiar algún estilo de la capa como el borde...
onmouseover="this.style.borderStyle = 'inset'" onmouseout="this.style.borderStyle = 'outset'"
Saludos
