Esto es algo mas de Javascript y no de PHP, pero haces algo asi:
Código:
<form action="destino.php" method="post" target="nombre_del_popup" onsubmit="return createPopup( 'nombre_del_popup', 'width', 'height');">
La funcion createPopup debe de abrir el popup con el tamaño y regresar true para enviar la forma.
Saludos!