Aqui te dejo un apartado de la documentacion de mysql acerca de escalabilidad y limites:
Cita: Escalabilidad y límites
Soporte a grandes bases de datos. Usamos MySQL Server con bases de datos que contienen 50 millones de registros. También conocemos usuarios que usan MySQL Server con 60.000 tablas y acerca de 5.000.000 de registros.
Se permiten hasta 64 índices por tabla (32 antes de MySQL 4.1.2). Cada índice puede consistir desde 1 hasta 16 columnas o partes de columnas. El máximo ancho de límite son 1000 bytes (500 antes de MySQL 4.1.2).Un índice puede usar prefijos de una columna para los tipos de columna CHAR, VARCHAR, BLOB, o TEXT.
Una pregunta, es necesario la creacion de tablas iguales por usuario, o tal vez puedas crearle llaves foraneas de usuario para diferenciarlos, bueno tambien depende si el usuario tendra acceso a la base de datos o todo lo trabajara mediante interfaz, bueno espero te sirva el apartado sobre escalabilidad y limites, saludos, cya