Hola!
Mira, creo que esto soluciona el problema del link, a la propiedad DataNavigateUrlField del DataGrid, estas pasandole el nombre del fichero, por eso intenta acceder al directorio raíz, has de pasarle la ruta del fichero, para ello pasale el valor FullName en lugar del valor Name, quedaría así:
Código:
<asp:DataGrid runat="server" ID="articleList" Font-Name="Verdana" AutoGenerateColumns="False"
AlternatingItemStyle-BackColor="#eeeeee" HeaderStyle-BackColor="Navy" HeaderStyle-ForeColor="White"
HeaderStyle-Font-Size="15pt" HeaderStyle-Font-Bold="True">
<Columns>
<asp:HyperLinkColumn DataNavigateUrlField="FullName" DataTextField="Name" HeaderText="File Name" />
<asp:BoundColumn DataField="LastWriteTime" HeaderText="Last Write Time" ItemStyle-HorizontalAlign="Center"
DataFormatString="{0:d}" />
<asp:BoundColumn DataField="Length" HeaderText="File Size" ItemStyle-HorizontalAlign="Right"
DataFormatString="{0:#,### bytes}" />
</Columns>
</asp:DataGrid>
Saludos y buen fin de semana!!!