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usa JSON (javascript object notation)
http://www.json.org
Lo que hacen estas funciones es convertir tus arrays,objetos,variables,etc a un objeto literal (encapsular) que luego desde php lo "desencapsulas" y tendras el Array u otra cosa que envies.
tan facil como
var myarr=[];
myarr['algo']=[1,4];
myarr['bleh']="blehRealoaded";
var encapsulado=myarr.toJSONString();
y en tu lado de php
$myarr=parseJSON($_GET['valorencapsulado']);
echo $myarr->bleh; //resultado: blehRealoaded
connection closed.