Hola:
Si el desbordamiento se produce al cargar la página, prueba con el nuevo sistema, o sea sin crear el array (solo inicializándolo):
Código:
var imagen = new Array(<?=$ancho;?>);
for (var i = 0; i < <?=$ancho;?>; i ++)
imagen[i] = new Array(<?=$alto;?>);
A mi me apareció el problema del overflow cuando abría la página iconizar.php sin estar en el sistema de frames, y fallaba el envío de datos al "parent"
Saludos